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濁口溪發源自台東卑南主山的西坡，向西南於高樹大津附近匯入荖濃溪，全長達五十九公里，流域面積廣達三七五平方公里。本溪全境幾乎貫串於茂林鄉境內，其下游則與高樹鄉和六龜鄉毗鄰匯入荖濃溪主流。
濁口溪段是一明顯得峽谷地形，其溪岸植被茂密，部分溪段尚呈現裸露的岩壁。本溪段多處已被開發成觀光區，例如情人谷、茂林谷、紅塵峽谷、多納溫泉等處。但其開發原則大多順其原始風貌及溪流生態，在不失增加了觀光景點又保留了自然原味下，誠乃立下了良好的風景開發典範。
本溪段平瀨，急瀨及深潭明顯且交互分佈，溪底石多為大型石塊與巨岩，深潭底質多由礫石及細沙所組成，濁口溪可謂水質清澈，其水流量亦相當穩定。在上游溫泉溪段魚種較少，只發現高鯓?魚、?魚、台灣石賓、台灣馬口魚、台灣間爬岩鰍及南台吻?等六種。其中以?魚及馬口魚較主要
。中游的紅塵峽谷、萬山、情人谷間則增加了鱸鰻、粗苔?
、短吻鐮柄魚、何氏棘?、鯽魚、鯉魚、中華泥鰍、斑帶吻?虎、日本禿頭鯊、吉利慈鯛、莫三比克口孵魚、尼羅河口孵魚、吳郭魚、鯰魚等魚種；而在大津匯流口處更增加了紅目?、羅漢魚、白鱎、埔里中華爬岩鰍多魚種。
由於濁口溪，水質的優質，魚種的繁多，又是觀光的據點，爰有心人士發起愛護，保育此間的生態，不容許人為的破壞，遂有本會－高雄縣濁口溪生態保育協會的成立。本會的組織宗旨，不以營利為目的，純以維護茂林濁口溪自然生態平衡，防止人為環境污染，確保溪流品質及水域安全，並提倡合理利用溪流之自然資源，促進本地正當溪流活動，進而發揚原住發民魯凱族傳統文化為宗旨。
近以發現山坡及森林的開發，水源及棲息地之無情破壞
，淡水珍貴魚類的被毒、電、炸死，使得水源、水質問題及日益惡化的溪釣活動再再突顯人為的破壞與干擾日益嚴重，因此本協會的生態保育工作之振動必須徹底保護以杜絕受「絕後」的威脅。
在此要特別介紹珍貴的台灣溪中稀有的「原住民」－高鯓?魚，牠是台灣特有種，主要分佈於高屏溪海拔150－500公尺之河段中，牠有豐富的蛋白質，約在三、四十年前是原住民朋友的豐富營養來源。但以往溪中魚群豐富壯麗的景象
，曾幾何時，此類魚已面臨絕種的危機，不外是被人電、炸
、毒死。如此吃了已死的「溪魚」，除了殘害了自然生態中的珍稀生命外，自己亦無「進補」之受益，反而殘遭「慢性中毒之害」也破壞污染了水質，可謂害人而害己，此為本會將努力的方向。
廣闊的茂林山中有高山、有溪水；有瀑布、有叢林，此地豐富的負離子將能帶給你健康、和平。深信本會的濁口溪對魚類資源保護，河川水生態的維護及行有餘力如經費許可下的推展正當溪流環境保育、教育工作及聯繫，促進國內外相關機構之交流與合作亦是本協會努力的方向。