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第一屆亞洲濕地大會（民國97年10月23-25日）之後，許多學者都認為台灣濕地的眾多面向應該要有更有效的民間團體來整合、推動，是以有此一學會之發起。此一學會的功能將可整合國內有關濕地的學者、專家及熱心人士，就各類課題執行深入的研究，以服務社會；更進一步，可作為國際上的對口單位。
濕地古字“坔”就是水覆於土地之上，可見先人對濕地有充分的體認，因為人類一直是逐水草而居，所以有眾多使用濕地的經驗，例如風水池、稻田、荷花、茭白筍田等無一不是。但最近因為城市的發展，破壞了許多濕地，又人們遠離自然，也漸漸地不知濕地的重要性及欣賞濕地之美。
96年12月內政部完成國家重要濕地評選，國際級2處、國家級41處、地方級32處，共計75處。濕地的類型很多，有自然的、有削減生活污水為主的、或以生物多樣性為復育標的的人工濕地，濕地要保護、保育、復育，牽涉的範圍很廣。這次會議讓我們確實瞭解到，國內相關的學者在各自的領域上都相當有成就，但缺乏一整體的、整合性的合作，以致於學術的發展、社會的服務還沒能達到應有的程度；更因為最近全球氣候變遷，促使了「人類何去何從」的重要課題再次浮出檯面，對於生活中最重要的水及與其息息相關的濕地生態，是應該更加深入的研究。國內當前與濕地有關的組織也不在少，有珊瑚礁學會、海藻學會、濕地保護聯盟、荒野保護協會、野鳥學會等等，但都各有專業，值得以濕地學會為界面加以整合，執行保育、復育、教育之工作。