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昭和六年至昭和二十年（1931-1945）作為臺灣日治時期的最後階段，臺灣總督府推動「皇民化運動」，並提出「國有神社」的口號，並在各地廣建神社，以作為社會教化的中心。海山神社便是建立在此時期，於昭和十三年（1938）竣工，屬無格社，坐落中和庄外員山。
第二次世界大戰後，日本戰敗，皇民化運動宣告終止，民國三十四年（1945）國民政府接收台灣後，僅有少數神社改建為忠烈祠，其餘多數皆遭破壞，包含海山神社，直至民國八十六年（1997）神社僅存殘蹟。