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新莊地區在乾隆時因墾拓到達鼎盛，經濟繁榮及社會安定，故新建寺廟大增。五股西雲寺，主祀觀世音菩薩（又名觀音大士），從前稱「大士觀」，而為對應觀音山上另一座供奉觀世音菩薩的「內巖」凌雲禪寺，故又有「外巖」之稱。清乾隆十七年壬申（1752年）相傳為福建省鼓山湧泉寺僧壬「省源」至此地結茅祀奉觀世音菩薩，同年由永定縣貢生胡焯獻及林作哲獻地建寺，第一代開山住持便為省源和尚。嘉慶十六年辛未（1811年），以林武宗、陳朝為首等人協同鄉民擴大整修。經考證，咸豐六年（1856年）第三代住持應為建平和尚，其餘至大正三年（1914年）之住持名號待考。
光緒二十一年（1895年）臺灣割讓予日本，日治初期由本圓和尚擔任住持，昭和八年（1933年）由覺淨和尚擔任住持至民國五十二年（1963年）圓寂為止。民國五十二年（1963年）由最妙法師繼任住持，並於現今正殿大門上之木匾題有「西雲禪寺」，最妙法師於民國五十九年（1970年）圓寂後，由悟明法師接任住持。