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淡水河為早期清代移民進入臺北盆地的門戶要津，清代初期南岸的八里坌地區因有著航道的地利之便，較北岸發展迅速，但乾隆末年因航道改變，北岸地區因此逐漸興盛，位於淡水河口北岸的福佑宮即是此時期建於嘉慶元年（1796年），雖在廟中三川殿內左門楹聯有「廟堂更心靈昭芝山福地」可表明原在滬尾港可能已有簡陋媽祖宮，並始建於乾隆壬寅年（1782年），至嘉慶元年完工，但詳細資料已不可考。
全廟興建年代最早為三川殿前步口石柱、明間八角石柱與對看牆的附壁柱及柱殿前拜亭的龍柱，皆落款了「嘉慶元年」，而後三川殿石門柱於嘉慶丁巳年（1979年）落款，道光已亥十九年（1839年）至道光庚子年（1840年）間立石垛及金柱。
民國四十九年（1960年）因鎮殿媽久經蟻蝕，以火化去並另塑神像。