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咸豐十年（1860年）後淡水成為國際通商口岸，並於同治元年（1862年）正式開關徵稅，此時期成為全臺最大貿易港，更吸引許多外國人士到此從事貿易等行為。同治十一年（1872年）馬偕牧師抵達淡水宣教，並在此建立基督教長老教會淡水教會，初期的淡水禮拜堂為清同治十一年（1872年）向寶順洋行的John Dodd承租的房子，做為馬偕的家和佈教、行醫之地；同治十二年（1873年）租用稍前的民房做為新的禮拜堂，直到光緒十六年（1890年）偕醫館旁的教堂興建完成，並由馬偕牧師設計，淡水教會翻修醫生宿舍做為禮拜堂，建築形式為兩落，並設有小院子；大正二年（1913年）九月於現址改建禮拜堂；昭和七年（1932年）重建禮拜堂，昭和八年（1933年）完工，是為現今之樣貌。