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同治元年（1862年），淡水開設海關，正式收稅，並建設關署區、長官官邸、碼頭區，其中碼頭區主要集中於滬尾街河岸。明治二十八年（1895年）日治時期陸續於碼頭區進行多項建設工程，包含碼頭填土工程，並沿河岸興建淡水稅關檢查廠，碼頭基地現存之二棟磚造倉庫亦約為大正十四年至昭和五年（1925年～1930年）間興建。
戰後，由軍方接收碼頭區中的淡水稅關第二檢查場，淡水海關碼頭區並於民國八十九年（2000年）公告為古蹟。