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寶藏寺位在芬園鄉社口南端的進芬村，寶藏寺昔日與鹿港龍山寺、花壇虎山巖、社頭清水巖、南投碧山巖，並稱為臺灣中部「二寺三巖」，寺中正殿目前主祀觀音佛祖，後殿配祀天上聖母（媽祖）與玉皇大帝。
　　
寶藏寺建寺時間眾說紛紜，依據寺廟內碑文記最早應為清康熙初期，《寶藏寺重修碑》云：「本寺康熙初期福建泉州人士由嘉義帶神符來此，威靈顯赫，當地士紳許炎光提倡興建」。據寺方管理委員口述，寶藏寺草創應於康熙11年（西元1672年），草創時僅為一間小寺。康熙27年（西元1688年）增建前殿，此時廟貌已趨近現貌雛形。
　　
另傳雍正元年（西元1723年）芬園地區有瘟疫傳染，適逢鹿港天后宮媽祖遶境經過寶藏寺，暫駐時為當地居民治病，使瘟疫病情得以紓解。遂於雍正11年（西元1733年）再由仕紳許炎光捐地倡建前殿，寶藏寺正式建寺，同年三月入火，祭祀觀世音菩薩以及從鹿港天后宮迎來的聖母神像。後於乾隆50年（西元1785年）進行修建、重建，道光28年（西元1848年）廟宇因地震加速建築頹圮破壞，由當時廩生唐憲榮，首事江成春、黃玉池、張成堂、張成業、張永藥、張永勇、林媽愿、何明德等人倡議修建，各界響應而共捐銀1429圓，修復工程於道光30年（西元1850年）冬完成。
　　
光緒11年（西元1885年）由張金赤捐獻廟後山地，陳樂山倡議再次整修。日治時期，明治31年（西元1898年）、大正8年（西元1919年）、昭和13年（西元1938年）也曾局部重修。戰後，民國52年（西元1963年）張龍池倡提地方人士協助寺後凌霄寶殿增建，奉祀玉皇大帝，民國58年（西元1969年）寺旁增建忠義祠，供奉「貓羅溪西」勇士牌位。民國60年（西元1971年）因正殿屋頂坍崩，全寺依原樣重修，並於民國63年（西元1974年）完竣，此次修建增加牆上雕刻、龍柱及屋脊剪黏等，成就今日寺廟模樣。民國72年（西元1983年） 修建右護龍，後於民國74年（西元1985年）指定為第三級古蹟，民國76年（西元1987年）再進行左護龍整修。直至民國84年至民國87年（西元1995年至西元1998年）寺廟再進行修復工程，民國86年（西元1997年）<<文化資產保存法>>修訂後編列為縣定古蹟。後因民國88年（西元1999年）九二一地震受損，民國99年至民國100年（西元2010年至西元2011年）進行後殿修復工程，民國106年至民國107年（西元2017年至西元2018年）亦有整修修復紀錄。