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鹿港南靖宮創建於清乾隆48年（西元1783年），主祀神為由漳州府南靖縣移民所奉請而來的關帝爺，除祈求其庇佑居民平安渡海外，也祈求商業興隆。昔時南靖從商的人士，咸稱為「廈商」，南靖宮即由鹿港地區的廈商建立，後在嘉慶5年（西元1800年）擴建，道光20年（西元1840年）重修。而在清乾隆道光年間，漳州人因與泉州人相爭失勢而退往八卦山一帶的山區，昔日南靖商賈逐漸消失在鹿港活躍的商圈中。
　　
今日所見的南靖宮為民國60年（西元1971年）重修後之面貌，落成完工當時亦曾舉行繞境平安入宮安座紀念慶典，其信徒代表以鹿港、福興、秀水及旅居外地之本籍人士為主。其信徒組織及活動與闔港廟及角頭廟相較之下，誠屬於小型寺廟、活動力較弱的闔港廟之一。