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三山國王廟創建於乾隆2年（西元1737年），廟宇的設立說明早年即有客家人士來此開墾。鹿港三山國王供奉廣東揭陽縣巾山、明山及獨山三座山的神明，為潮州客家人士興建的廟宇。原廟位於今中山路與民權街口，座東北朝西南，其後方為鹿港的三山國王廟義塚。

鹿港是泉州人群的社群結構，由於客家潮州人的式微，三山國王廟遂成泉州人管理的廟宇，嘉慶4年（西元1799年）曾將三山國王廟改名為「三仙國王廟」，正殿前方有一隻石製香爐，其上有落款「嘉慶四年梅月置，三仙國王弟子王合成叩謝」等字樣，說明了潮州客家人在鹿港勢力的消長。
　　
三山國王廟曾於道光24年（西元1844年）重修，大正15年（西元1926年）日人將三山國王廟拆遷至今日現址（中山路276號），廟後三山國王塚（今彰客附近）亦清塚開闢為道路。昭和8年（西元1933年）鹿港實施市區改正，將不見天街拆除，三山國王廟亦於此時修建廟宇。
　　
民國74年（1985）指定三山國王廟為第三級古蹟，民國76年（西元1987年）信士將位於正殿的神龕拆除，擴建廟宇，新建一座正殿，民國82年（西元1993年）由地方人士組織管理委員會。民國92年（西元2003年）再增建後殿，供奉三山國王夫人。民國83年（西元1994年）重建牌樓門面。民國86年（西元1997年）<<文化資產保存法修法>>暨<<文化資產保存法施行細則>>修訂後指定為縣定古蹟，民國92年（西元2003年）重建後殿及後殿中庭。