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道光2年（西元1822年）鹿港士紳梁獻瑞倡議興建鳳山寺，由地主盧西池獻地，甘武略出任總理，總理興建廟宇事宜，地方信士踴躍捐資，此次建廟募得1529元，道光2年9月動工，歷經2年餘，於道光4年（西元1824年）10月完工。
　　
鳳山寺主祀廣澤尊王，配祀夫人媽，廟名「鳳山寺」源朔自於祖廟之名。道光28年（1848）彰化地震，造成廟宇的受損，咸豐6年（西元1856年）至咸豐9年（西元1859年）進行重修，目前廟宇保存咸豐年間重修時的廟貌。
　　
咸豐6年（西元1856年）敬獻「威武英烈」匾。由於鳳山寺位於鹿港粟倉旁，廟宇前方即是鹿港理番同知衙門，咸豐6年北路理番兼鹿港海防同知及安平協水師右營游擊敬獻「忠孝義」匾。
　　
大正15年（西元1926年）鳳山寺因年久失修，廟宇坍塌受損，地方士紳廖天顯、陳揀等人倡議重修，同年完成廟宇的修復，並由鹿港街長陳懷澄撰寫「重修鳳山寺碑記」木碑，置於三川殿右牆。
　　
昭和2年（西元1927年）鹿港街長陳懷澄拆萬春宮及廈郊會館，改建為公會堂，並將蘇府王爺神像移至鳳山寺供奉。民國71年鳳山寺曾局部修護，再將蘇府王爺神像移至左廂。
　　
民國79年（西元1990年）拓寬德興街時，為保存三川殿的建築及牆面的交趾陶，拆除中埕，將三川殿移至後方與正殿相鄰，形成目前正殿與三川殿相鄰的廟貌。中埕牆面書法對聯，係咸豐9年（西元1859年）慶昌陳宗潢的墨跡，可惜已於民國79年拆毀。民國89年（西元2000年）10月鳳山寺經指定為縣定古蹟。受 921 震災影響，建築本體及棟架出現歪閃、位移情形， 民國91年（西元2002年）進行修復計畫工作，民國97年（西元2008年）修復工程完工，於民國105年（西元2016年）遇回祿之災，於民國111年（西元2022年）修復，並完成彩繪調查研究，目前進行彩繪修護當中。