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興賢書院原是文昌祠，供奉文昌帝君，文昌祠創建於嘉慶年間，後至道光年間由恩生貢曾拔萃捐建始具規模。道光末年，士紳邱海於文昌內創設「興賢社」，廣置學田，做為書院的經費來源，以教育燕霧上下保及大武郡東西保的學子，開啟員林文風，目前興賢書院內仍供奉有邱海的長生祿位。
　　
最早於嘉慶年間，文昌祠建成，後於光緒7年（西元1881年）秀才邱萃英、陳有光等人發起重修，改建成興賢書院雛形，並聘請邱萃英擔任興賢書院的院長，教育英才。大正9年（西元1920年）由管理人黃通興擴建後殿，興賢書院成為二進的建築格局。昭和元年（西元1926年）由林天爵倡議，員林張清華、林糊、社頭蕭載福、埔心黃耀南等人發起成立「興賢吟社」，是員林第一個傳統詩社，至昭和9年（西元1934年）由黄溥造編輯成「興賢吟社百期詩集」。
　　
日治時期兩旁廂房出租他人做為民宅使用，建築物遭受破壞，至民國41年（西元1952年）將左廂房拆除，改為老人會館的活動空間。昭和15年（西元1940年）興賢書院曾局部修繕，當時正殿對聯為林天爵的墨跡。戰後，興賢書院於民國44年（西元1955年）重修時，將屋頂改為水泥瓦，此次重修委請黃朝琴、謝東閔、于右任敬題對聯，可惜此墨跡已於九二一地震損毀。民國74年（西元1985年）11月27日經指定為第三級古蹟，民國86年（西元1997年）<<文化資產保存法修法>>暨<<文化資產保存法施行細則>>修訂後指定為縣定古蹟。
　　
民國88年（西元1999年）九二一地震，興賢書院全部倒塌，造成書院嚴重的損毀。民國89年（西元2000年）鎮公所委任中原大學建築研究室進行書院的構件清理與保存工作，民國91年（西元2002年）進行重修，民國94年（西元2005年）10月25日完成修復，同年11月12日舉行入火安座慶成大典。