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阿里山林場為全臺灣最具指標性的林業代表，因森林鐵道為無縫聯繫山地運輸與平地運輸的特例，讓人能很輕鬆地前往林場核心區域並能於山林中長居，為阿里山林間聚落蓬勃發展的主因。
1906年（明治三十九年）開始，總督府正式執行阿里山林業開發計畫，期間經歷了民間會社藤田組的經營失敗到回歸官營計畫的推展，終於在1912年（大正元年）底完成運材鐵道的通車，正式的展開工業化規模的伐木作業。在開發過程中人力為最主要的動力來源，這些工作人員沿著鐵道工程逐步進入山區，並定居於山林中，居民日益增加形成了各車站周邊的聚落。聚落的成形代表著生活機能的逐漸完善，與草創時期相較，山林工作者此時已然有了能夠安身立命的一片天地，生活雖然不能稱為舒適但也不算是險峻。然而，這般的改善並不代表工作的危險性已經降低，層出不窮的傷亡與事故，使山林工作者面對於生命的無常及山林的敬畏轉而成為信仰的需求。伐木工作的高危險性，使日本營林所思考以宗教撫慰人心，因此於1918 年（大正七年）營林所便開始籌劃阿里山寺、阿里山神社建置的工作，希望能藉由宗教設施的成立來撫慰人心。
1934年（昭和九年）營林所為了同時歡慶「阿里山事業創始二十五周年記念式」、表彰林業有功人員並進行殉職功勞者的慰靈祭，活動由嘉義驛開始一路隨著載著長官們的蒸汽機關車攀升，最後於阿里山神社、阿里山寺之境內舉行慶祝活動。本次祭典最重要的意涵，在於這是阿里山首次出現以「樹靈」為名的祭典，這場祭祀活動也可以說是為了即將興築的樹靈塔而舉行的暖場活動。該日最後一個紀念活動為慰靈祭，目的是為了替進藤、二宮兩位技師及其餘共70名有功於阿里山的殉職者進行祭祀。
1935年（昭和十年）逢始政四十周年紀念，為擴大紀念，臺灣總督府在臺展開有史以來規模最大的博覽會，展示日本統治臺灣的政績。於該年除建有高山博物館、阿里山貴賓館之外，樹靈塔亦落成於同年。
樹靈塔落成後，每年的三月跟九月會各自舉辦一次樹靈祭，儀式與第一次的樹靈祭幾乎相同，而參與者大部分都是營林所的公務人員與林場伐木、集材、鐵道工班的工頭，其中又以日本內地人為多數。戰後樹靈塔仍舊保持多年的祭祀，但已從日本的神道改為道教的儀式，也從感謝之儀轉為重視牲禮的普渡。此時期的參與者與日治時期相同，多為公務人員與工班的工頭，一般觀光客與地方民眾幾乎不會參加；直到伐木工作蕭條，參與者也逐漸流失，至1969年（民國五十八年）後，伐木工作宣告停止轉型，祭典也正式停辦。