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1896年（明治二十九年）為臺灣氣象觀測事業發展重要轉捩點，為有效治理並了解臺灣氣候變化，臺灣總督府通信部長士居通豫赴東京，為在臺灣設立的測候所籌畫事宜，經與日本中央氣象臺交涉，獲派近藤久次郎為所長，並走遍全臺勘定設站地點。第一階段選定臺北、臺中、臺南、恆春、澎湖島等五處建立測候所。日人逐步擴充並建立較正規而完整的測候網，陸續又於基隆、臺東、花蓮、高雄、阿里山等地建立測候所，使臺灣呈現環島氣象觀測網絡。
阿里山高山觀象所座落於萬歲山北麓，於1932年（昭和七年）以檜木建造，隸屬於臺灣總督府氣象臺，第一任所長為日本人西村傳三，1939年（昭和14年）改為阿里山測候所仍屬臺灣總督府氣象臺。設立阿里山測候所主要為為配合太平洋戰爭之需要，藉由高山測候所的測量，從玉山、阿里山到臺中形成剖面，藉由測量和研究分析取得高空剖面氣象資料，提供作戰飛機航行安全所需之航空氣象資料。