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鄭氏家廟的歷史悠久，最初建於1663年（明永曆十七年），是專門奉祀鄭成功的祠堂。清朝時，因忌諱官府而改為家廟，1758年（清乾隆二十三年）由宗親贖回並改建為「鄭氏大宗祠」。
1919年（大正八年），日人改建臺南市區，家廟前部分拆除。家廟歷經流寇、日人統治，宗親亦為家廟事宜多次奔波，於1930年（昭和五年）藉日人舉行「臺灣文化三百年紀念」，發起組織臺南鄭姓宗親會，募資及修建家廟。
1961年（民國五十年），「鄭成功復台三百年紀念祭典籌備委員會」重塑鄭成功神像於延平郡王祠内，原有1947年（民國三十六年）由蔡心雕塑之鄭成功樟木神像則移祀於鄭氏家廟。
1983年（民國七十二年），臺南市政府拓寬道路，家廟進行整修，更名為「鄭姓宗祠」。最後在1985年（民國七十四年）獲內政部指定為臺灣省第三級古蹟。