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創建於明永曆17年（西元1663年），位在當時承天府寧南坊的鄭氏家廟，原是鄭經所建，用以奉祀延平郡王鄭成功的專祠。清領以後，忌諱官府，改為家廟。直到乾隆23年(西元1758年)，由宗親奉直大夫等人集資贖回重修，改稱「鄭氏大宗祠」。日人治臺之後，於日明治36年(西元1903年)進行土地調查，有族人鄭加將家廟佔為己有，經宗親訴諸公道而討回。日大正8年(西元1919年)，日人進行臺南市區改建，祠屋前的五帝廟街開闢為九公尺寬的道路，鄭氏家廟之門前部分逐遭拆除。家廟歷年為人所侵占，於是鄭老得、鄭玉記先生等於日昭和5年（西元1930年）利用日人舉辦「臺灣文化三百年紀念」的機會，發起組織臺南鄭姓宗親會，募款九千日圓重修，二年後修建完成。歷經多年於在民國72年（西元1983年）及88年（西元1999年）時，再加以修護為今日所見的「鄭氏家廟」。