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清光緒 9 年（1883）英國長老教會臺灣南部教士會議決創設中學，光緒 21 年（1885）於臺南市二老口街（現衛民街附近）創立「長老教會中學」，為臺灣最早之中學。雖校務曾經中斷，大正元年（1912）改稱「長老教中學校」，昭和 14 年（1939）經政府認可改名為「私立長榮中學校」。第三任校長萬榮華（在任 1912-1935）籌畫搬遷校舍至現址，並興建相關之校舍與建築，重科學、英語、體育，同時重視基督教的人格教育，提倡西式運動，首度將足球運動引進台灣。昭和 10 年（1935）接任之日籍校長加藤常太郎，成立各種社團推廣棒球，桌球，書法等課程，且足球隊曾遠征日本甲子園