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開基天后宮、主祀天后，亦稱天上聖母、媽祖或媽祖婆，是臺灣民間信仰最虔誠也最普遍的神明。傳說中的媽祖，原名林默，祖籍福建興化府莆田縣湄州嶼。關於她的生卒，史載紛紜，比較一致的說法是，生於宋太祖建隆元年（西元960年），卒於宋太宗雍熙4年（西元987年），享年二十八歲，媽祖自幼諳水性，有生以救助海上人家而聞名。羽化，經常顯靈，為航海人指引方同，被漁民們尊為航海之神。早期臺灣的墾拓先民，自中國閩粵渡海而來，經常與驚濤駭浪為伍，生命安危繫之於天，故多奉迎媽祖神像同行，析求平安，化險為夷。安然抵達後，為感念媽祖的庇佑，又在海邊或河海港口建廟祭祀，並析求風調雨順，國泰民安。開基天后宮，俗稱小媽祖廟，是對應於西定坊寧晴王府邸改建的大媽祖廟而稱的。創建於鄭氏時期，位於當時鎮北坊德慶溪出口南岸的水仔尾，是本市最早興建的媽祖廟，故以開基冠稱。清乾隆30年（西元1765年），知府蔣允君捐修。蔣元樞任知府時，再加修建，規模擴大。嘉慶以後至日治時期屢有修茸，二戰結束前，遭盟機轟炸，嚴重破壞。民國37年（西元1948年），境眾大修。民國60年（西元1971年）及民國62年（西元1973年），士紳境民募款重修，廟貌煥然一新。
現有之建築規制，依據《臺南市第二級古蹟開基天后宮調查研究及修護計畫》當中的考證，可能與大正15年（1926年）之規制大致相符，而當時之重修係於舊址上重建，規制上變化亦應相當有限。民國92年（2003年）進行了大修，於民國93年（2004年）完成，由徐裕健建築師負責設計監造。