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在安平古堡的南方，是中國移民來臺的渡頭之一。約當清乾隆20年（西元1755年），渡頭邊建造了一座美侖美奐的廟宇，供奉保生大帝，配祀朱、李、蘇三府王爺及土地公。由於明永樂17年 （西元1419年）時，大帝的封號是「恩主昊天醫靈妙惠真君萬壽無極保生大帝」，因此取名「妙壽宮」。
據傳清領時期由唐山渡臺者到本宮參拜，見兒童常成群嬉戲於廟埕，便稱廟為「囝仔宮」。保生大帝是舊時同安人的守護神，俗稱大道公或吳真人，原名吳本（音滔），字華墓，號雲沖，福建泉州同安縣自礁鄉人（經後人研究修正為漳州龍溪縣青礁人，即含廈門市集美區海滄鎮青礁村），生於北宋太平興國4年（西元979年），卒於宋仁宗景祐3年（西元1036年），享年五十八歲。吳本自幼家境貧寒，鑑於母親患病無力延醫而死，乃立志學醫，救濟世人，成為一位民間的草藥醫生。由於醫術高明，道德高尚，遂為人們所景仰。逝世後，在歷代帝王的晉封下，逐漸演化而成為民間祭祀廣泛的神明，素為術士、藥商和醫師們所崇奉。
妙壽宮，座北朝南，原是一座三開間兩進兩廂房式的廟宇建築，廟的右側在清同治6年（西元1867年）建「金萬安」號王船室。可惜在民國69年（西元1980年），國勝路開闢時，右廂房及王船室被迫拆除，民國74年（西元1985年）加以修護成為今日的面貌。前殿入口一對蝙蝠石柱，不僅造型特殊，上面還刻有清道光16年 （西元1836年）水師提督王得祿敬撰的楹聯。這兩根石柱，原是安平水師五館之一的「海山館」所有，日治以後，海山館功能變異，才移入妙壽宮的。而清嘉慶11年（西元1876年）為安平守城剿賊有功諸義士而立的「欽命義懷誠忠」匾，則是較具古意的名匾。