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新化鍾家為新化大家族之一，祖籍為銀同（福建省同安區），據傳鍾家來自鍾厝，擁有一大片果園。但由於此地治安不佳，於是 19 世紀中後期整個家族遷至現址。
鍾家古厝建於1885 年（清光緒十一年），本屋屋主為鍾鏡清。因1895年（明治二十八年）率領日軍攻臺之北白川宮能久親王，曾在此借宿，臺灣總督府於1935年（昭和十年）依照《史蹟名勝天然紀念物調查會規程》，指定其為御遺跡，也是日治時期新化知名景點，是日治新化歷史記憶的一部份。
北白川宮能久親王御遺跡有其政治意涵，因此戰後國府將其轉為一般機關用地，見證日本政府與國民政府在賦予建築物政治身份之變遷，國民政府來臺後，鍾家古厝分為三部分有不同的命運，左右伸手拆除建廟、大廳與右廳作為公家宿舍、左廳作為里幹事辦公室，及公家宿舍遭轉賣與內部改建等歷程，可以說是戰後日產變遷史一個相當具有代表性的案例。