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旗後天后宮是高雄市歷史最古老的寺廟之一，建基於約明永曆27年(1673)。當時有漁民徐阿華，因遇颱風漂至旗後，見此地為捕魚、定居的好地方，乃回鄉邀集同鄉漁民攜眷前來定居，並隨身迎奉湄洲媽祖來臺，而四處捐緣建祀媽祖宮以為守護神。
康熙30年(1691)旗後人口日漸稠密，徐阿華等因恐廟產被奸貪之徒侵占，乃邀洪、王、蔡、李、白、潘六姓頭人丈界廟地，並合立開墾字乙張以杜絕爭端，從此，旗後便以媽祖廟為中心逐漸發展開來。
光緒13年(1887)洋商張怡記等號召重修。昭和元年(1926)信徒蔡吉六發起重建，民國37年(1948)蔡文賓等信徒以保存古樸面貌為整修重點，籌款重建為現今廟宇。
其平面格局屬兩殿兩護室之形式，前殿與正殿間又以一亭相連。中門石獅造型優美、石質堅良，尤以廊牆下花崗石花鳥堵最具古拙味。另外，木門扇上的歷史人物及麒麟木雕，姿態生動栩栩如生，皆為不可多得之民間藝術傑作。廟側天井有口光緒12年(1886)所鑄的鐘，及光緒18年(1892)的木楹聯一對：「旗峰煥彩得光照，鼓嶼來潮汐信通」，左護室內更供有一艘王爺船，處處顯露這座濱海廟宇的特質。