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位於馬公市中央里的天后宮，不但是澎湖的「闔澎」三大公廟之首，也是全台灣歷史最悠久的「媽祖廟」。它的前身極可能是從宋、元以來，福建漳、泉一帶商賈、漁夫路過澎湖或農漁時，在海邊搭建來奉祀「媽祖」的小廟。國內最早的可靠史料是明神宗萬曆32年（1604），都司沈有容曾在這裡諭退荷軍將領韋麻郎，現有石碑保存在天后宮的清風閣為證，顯然當時已有天后宮了。
澎湖天后宮的歷史悠遠，歷代或同一個朝代對天后宮的稱呼多不相同。萬曆年間稱為天妃宮，俗稱媽祖宮，明代也稱為「娘宮」、「媽娘宮」、「娘媽宮」、「媽宮」等，廟名也是地名。
清康熙22年（1683），福建水師提督施琅率軍進攻澎湖，打敗鄭氏守軍。施琅認為能取勝全靠媽祖顯靈相助，於是奏請康熙皇帝加封。清廷准奏，並且派禮部郎中雅虎專程來澎湖致祭。第二年就正式加封媽祖為天后。從此媽祖宮又稱為「天后宮」。大正9年（1920）日本政府將媽宮澳改名為「馬公街」，從此「媽宮」成了「馬公」。
日本大正11年（1922）馬公臺廈郊商戶倡議，聘請潮州大木師藍木負責重建工程，將天后宮改建成現在的巍峨風貌。今日天后宮係由山川殿、正殿與清風閣所組成，其間並以天井分隔，以護龍、廊道做為聯繫，廟勢隨著地形逐進爬昇。在建築外觀上白灰的石牆，其綿延猶如山岳的稜線，搭配屋頂的起翹，豐富了天后宮的天際線；而內部羅列的石柱，搭配細緻的石雕、鑿花與彩繪，更是眾人注目的焦點。民國68年（1979）天后宮的歷史價值再度受到重視，並在民國72年（1983）被指定為臺閩地區第一級古蹟，由政府主導，依循「殘跡保存」的原則展開修建，媽祖宮才得以恢復舊貌，延續其香火保存迄今。
天后宮目前供奉的媽祖神像都是金面媽祖，頭帶后冠，慈眉善目，雍容和藹。這和施琅因天妃媽祖庇佑而攻佔澎湖，於康熙23年（1684）敕封為天上聖母，賜金面有關。鎮殿的是大媽，分祀左右的稱為二媽、三媽，三尊神像與千里眼、順風耳等一起奉於神龕中。