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文澳是澎湖早期的聚落之一，舊名暗澳，曾是行政中心所在。康熙23（1684）年澎湖入清版圖後，循舊例設巡檢司於暗澳，經40餘年之久，至雍正5（1727）年撤巡檢司，隔年改設澎湖糧捕廳於舊署。文澳城隍廟是澎湖最早創建的城隍廟，居文澳舊聚落的中心位置，所以乾隆時任澎湖通判的胡建偉在《澎湖紀略》提及：「澎湖文澳城隍廟在廳署之東，規模狹隘，不足以展敬，實限於地也」，這是文澳城隍廟最早出現的文獻。另有一說為雍正8（1730）年建立的，那是根據「媽宮城隍廟殘碑」的內容所推定，殘碑文字有「雍正八年，澎湖始庥。別駕□…□…」，由碑文提及雍正8（1730）年澎湖開始崇祀城隍一事來推斷文澳城隍廟可能之創建年代。但確實興建年代已不可考？可能在清康熙、雍正兩朝之間（1684-1730）。此外咸豐元年（1851）澎湖廳署典吏呂純孝曾經主導重修過。
光緒15（1889）年清廷將澎湖廳署遷至原澎湖水師副將署（即今澎湖天后宮西側）後，文澳城隍廟轉變成文澳的地方廟。日治時期有信徒在廟中進行扶鸞濟世、著造善書等活動。臺灣光復後地方士紳鑑於城隍廟於日治時期缺乏維護管理，逐漸傾頹，乃於民國39（1950）年集資重修。雖面寬未變，但縱深加深，即今日所見形式。民國56（1967）年又因廟宇過於簡陋，於是籌資再修，並於4年後做油漆彩繪，大致保有澎湖廟宇的地方色彩。民國100（2011）年三度修復後迄今。