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根據乾隆3年《台灣志略》記載，澎湖的水仙宮是薛奎在康熙35年所建。照方志記載，薛奎是遼東人，康熙34年任澎湖水師右營遊擊。水仙是中國大陸長江流域下游與東南沿海浙江一帶的信仰，薛奎的原鄉信仰並未有此信仰。既然如此，那他為何會建水仙宮呢？這似乎與其經歷有關。當時，大陸、澎湖、台灣之間的交通已由隔絕再度活絡，兵船、官船、商船絡繹不絕。
在平常的情勢下，來台人員祈求、祭祀主要對象是媽祖。不過，除了媽祖外，他們亦向水仙王禱告，祈求水仙王幫助，海上行船安全。
由於地處海邊，水仙宮每天受海風吹襲，鹽水腐蝕，日積月累，頗有傾頹。乾隆45(庚子)年澎湖水師將領招成萬見此，遂即捐錢重修。
光緒元年(1875)，馬公水仙宮再次重修。這是由媽宮街商民黃鶴年鳩資主導的。一般認為，當時的水仙宮，已被充為「臺廈郊會所，以為行商棲止之處。」
澎湖的「臺廈郊」，具有下列特色：
1.設有公所，解決貿易紛爭。
2.成員包括販賣五穀、布帛、油酒、香燭等日常應用器具的舖戶。
從現存史料，「臺廈郊」是由澎湖的台郊、廈郊組合而成，其中「台郊」的公號叫「金順利」、「廈郊」公號稱「金長順」。
日治時期，水仙宮主事者及信眾認為廟宇已經「甚形剝蝕，又極湫隘非禮，覩觀不雅，抑且有瀆神靈」，遂於昭和四年(1929)募款重修。
重建完的水仙宮，頗為特別，是歐式的建築風格，上下兩層，上層祀神，下層作為「臺廈郊實業會」辦公場所。這樣寺廟格局在日治時期也是獨樹一格，頗為罕見。
民國47 (1958) 年再次重修，在其大殿的供桌，就是當時重修完成，爐下弟子敬送的。水仙宮在民國73 (1984) 年曾做過整修，完工後，做一盛大的建醮。
這幾年水仙宮目前主要的收入是民眾捐的香油錢，且水仙宮每年提撥信徒捐獻的約1/10做社會慈善公益活動。
目前水仙宮的管理人為吳明錚先生，吳明錚對水仙宮務出錢出力，截至目前，並與宮中委員積極籌畫下列事情：
1.水仙宮每年十月慶典及遶境活動。
2.元宵節慶祝活動。
3.纂修宮志。