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康熙35（1696）年，為澎湖遊擊薛奎所創建，主祀奉觀音大士。乾隆29（1764）年曾重修過；乾隆46（1781）年通判陳銓與澎協馬蛟等官紳勸捐，撤基重建。嘉慶10（1805）年澎湖鎮副總兵王得祿等亦勸捐重修。道光6（1826）年通判蔣鏞倡捐，擇觀音亭東邊舊廂房拆屋，另建龍王祠。光緒元年（1875）貢生黃學周等鳩資重建。光緒11（1885）年，法軍侵澎，廟宇被毀，次年重建完成。光緒17（1891）年，澎湖總兵吳宏洛捐資補修。
日本治台後澎湖紳民於昭和2（1927）年再度重建，並於南側放生池中增蓋涼亭乙座。2年後鄉紳薛佛然、王步程捐獻暮鼓晨鐘一組。民國46（1957）年因廟宇年久蟻害嚴重，鄉賢郭石頭集各方資金修建，即今日所見之形式。民國92（2003）年經由政府補助整修，做屋面新作，桁木檢修及抽換，費時3年於民國95（2006）年完工。