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鄭紹裘先生在《高雄關稅局馬公支關調查研究與修護計畫》中說：「澎湖在明代曾為中國陶瓷貿易的轉運站而盛極一時，但荷蘭人於明天啟4（1624）年佔領台灣，而將台灣開墾為其亞洲貿易的中繼站後，澎湖的地位遂為台灣本島所取代。清末列強僅要求台灣本島開港，澎湖從未被考慮，甚至海關亦僅設於基隆、淡水、高雄與安平等處，馬公從無獲得一席之地。」
中日乙未（1895）年戰後，台灣和澎湖群島之主權割讓給日本。日本為貫徹其南進政策，即積極建設台澎，於明治29（1896）年3月設立「台灣總督府安平稅關」，並規定除了基隆、淡水、安平、高雄四處台灣主要港口外，其他小港口一律禁止與外國貿易往來，但執行後卻嚴重影響了台灣居民生活必需品之供應，故於翌年明治30（1897）年開放八處所謂「特別輸出入港」，重新允許與外國貿易往來，「媽宮港」即是澎湖地區唯一的輸出入港。
明治31（1898）年11月設置「安平稅關媽宮出張所」，後升格為「安平稅關媽宮稅關支署」，明治35（1902）年5月更設置本縣八罩島及漁翁島稅關監視署，以加強各港口的緝私工作。
明治36（1903）年起，媽宮港進行建造陸軍、海軍及商用三個棧橋，且在旁側實施「填海築地工程」，並將填海新生土地提供作為「海關」、「貨物堆積場」、「市場」之需，明治42（1909）年拆除媽宮城南面城牆。同年支署再升格改稱為「台灣總督府稅關馬公支署」，明治39（1906）年在商用碼頭東側（今中正路與中山路交叉口）落成磚石造西式承重牆辦公廳一棟，此建築在日治時期是澎湖地區最先棌用洋風式樣的官方建築，建築主體為一層樓，角隅設有二樓高之瞭望塔樓。
二次世界大戰末期，政府為簡化組織提升效率，於昭和19（1944）年1月1日起，將基隆、高雄兩稅關併入港務局組織系統，馬公即改設為出張所。惟至民國39（1950）年末政府遷台後失去大陸市場，馬公的貿易逐漸蕭條，商業也一蹶不振。
迨至民國86（1997）年1月高雄關稅局組織再奉令變更，該支關即更名為「稽查組督導課督察四股馬公辦公室」，並由該股指派資深股員駐守以迄至今。翌年，將辦公房舍加以整修做為該局員工訓練中心，並提供該局同仁旅遊澎湖住宿之用。民國89（2000）年1月，日治時期興建之「稅關馬公支署」建築物，因歷史悠久，頗具文化價值，經奉准列入「澎湖縣定古蹟」。