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澎湖多風沙、氣候惡劣，對生活造成極大的威脅，為抵抗惡劣環境，故多設置辟邪物－石塔，作為鎮風止煞之用。
鎖港石塔由南塔及北塔二者所組成，位於舊聚落北方，近三層樓高，石塔所在處原有一高起的小沙丘，為社里的靠山，因強勁的東北季風而漸消失，於是當地產生了一句諺語「鎖管港了一個山，豬母水了一個垵」，沙丘被吹到豬母水（山水）的港灣去了，所以在原址上興建兩座大石塔作為，以彌補「地理」之缺陷。
石塔為九層階梯狀的黑石疊砌而成的圓錐形塔，為澎湖石塔中，形式最為古拙者之一。最初，原塔有三層，高約3公尺，民國53（1962）年間，該里北極殿玄天上帝乩身指示，將倒塌的三層北塔重建為九層，南塔也一併重建。民國64（1975）年南塔再行整修。民國88（1999）年，進行附近環境整治，設置解說牌以及涼亭等公共設施，供前來觀賞的民眾使用。民國89（2000）年1月28日指定為縣定古蹟。