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鄭用錫，譜名文衍，名蕃，字在中，號祉亭，原籍金門，祖父鄭國唐於清乾隆40年（1775）攜子來臺，初居苗栗縣後龍，其後遷於竹塹。鄭用錫中進士後，先於清道光28年（1848）在金門裡洋故里（今內洋、東溪）興建鄭氏家廟，後於清咸豐3年（1853）在新竹也建起另一座鄭氏家廟。
民國20年代（1930年代）家廟作為私塾使用，直到日軍佔據金門，私塾仍未停辦。抗戰勝利後，地方人士募款，自聘老師在家廟內教學，名「內洋學校」。
民國38年（1949），國軍撤退金門，許多民宅寺廟和宗祠被軍隊佔駐，鄭氏家廟也不例外，匾額及門板被取走，廟前左右兩側各五對石旗桿被取去建工事。
八二三砲戰爆發後，駐軍遷移到附近駐紮，家廟做為堆放水泥的處所，而當時東溪一帶落彈甚多，砲彈的碎片擊傷屋瓦、正身堵石及廟前腳踏石等，皆為砲彈碎片所傷。
民國47年（1958）國軍撤退後，鄭氏家廟回歸祠堂的使用機能。家廟建築曾於民國20至30年代（1930-1940）曾修補過屋頂，後因年代久遠，屋頂又出現漏水現象，民國70年間（1981）屋頂全面翻修，建築外觀風貌有些許改變，但架棟和牆體皆未變動。當時新竹的鄭氏族人匯回台幣20萬元，加上東溪鄭氏族人所收到的丁錢，以出嫁的女兒也出錢相助，共花費約48萬元，由於經費不足，故並未施加彩繪。
金門縣政府於民國94年（2005）委託徐裕健建築師事務所規劃「金門縣縣定古蹟東溪鄭氏家廟修復工程」，後於民國96年（2007）由建華營造股份有限公司執行修復工程，民國98年（2009）竣工。