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吳秀才厝位於上庫聚落，清末時上庫主要以「走北船」及鹽田產業為主，吳氏家族即經營走北船的航運，而鹽田則是吳秀才之祖父吳景山組織全村參加。
吳秀才，本名吳煜善，號元長、諱鏡波，生於清同治丁卯年（1867），卒於民國12年（1923）；於光緒末年高中秀才後，設書齋、學堂於屋前，義務教育鄉里子弟，深受里鄰感戴，爰以該屋前原為公產之前埕餽贈，並以「秀才厝」慣稱至今。
而此宅為吳秀才之祖父，吳景山（1804-1845，字澄修）因經營航運、鹽場致富後，於清道光年間（約1840年代）興建。吳煜善之子吳秉璋為中醫，曾於此行醫，現宅內仍留有中藥櫃等物為展示使用。後因時局戰亂，鹽場、航運難以持續經營，吳氏後人多出洋至新加坡、汶萊等地，古厝仍由族親居住。
民國38年（1949）後，遭國軍佔用，拆毀木門作為軍事用途，並於外牆開挖銃眼。民國50年代（1960s）右後護龍曾借族人開雜貨店，右前護龍則做麵條生意。民國48年（1959）因風災毀損整修，後因商店經營、生活使用等需求，經過數次修繕。
民國92年（2003），完成整體性修復後，開放為參觀使用。