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康熙五十四年（1715），諸羅知縣周鍾瑄創建城隍廟，近三百年間廟宇和這塊土地人民的生活，一直有著緊密不可分的關係。歷經滄海桑田，諸羅縣許多重要的古建築逐漸拆除不存；原來刺竹土圍的縣城，在日治的市區改正和光復後的都市計畫影響下，轉換為現代化的都市；然而城隍廟則是少數留存創建原址的重要建築。
近三百年，廟宇經過多次興修改建，現況古蹟本體，基本上是日治昭和十一至十五年（1936〜1940）間修建的結果。並於民國七十四年（1985），由政府指定為第三級古蹟。隨即於民國八十五至八十七年（1996〜1998）間，依據文化資產保存法進行修復，並保存至今。
嘉義城隍廟共歷經十二次修建，概述如下：
一、康熙五十四年（1715）－創建
嘉義城隍廟於康熙五十四年（1715）由知縣周鍾瑄創建，康熙五十五年（1716）冬建成，規模不詳，位置約於城的東南側。
二、雍正十年（1732）－修建
由知縣馮盡善、義紳陳君陸募修，此次整修，即於原廟址上進行，整修規模不詳。
三、乾隆二十九年（1746）－重建
新任義宰張所受與謀諸縉紳林振魁等人重建，整修規模不詳。
四、同治三年（1864）－建義民祠
同治三年（1864）於廟門左側建義民祠，紀念戴案死難民眾，立有碑記，惜在昭和十一年（1936）拆除。
五、同治九年（1870）－修建
經查史料與昭和五年（1930）城隍廟的舊照片，同治九年（1870）前城隍廟的配置研判應為正殿帶一拜亭。
六、大正十一年（1922）－興建戲臺
城隍廟的戲台自大正七年（1918）倡建，因故遲至大正十一年（1922）動工，於廟前興建戲臺。唯此戲台在光復後因道路拓寬拆除，整體木結構被拆卸至台斗街重組，並作為住宅使用至今，整體構架保存完整，並於民國九十八年（2009）登錄為歷史建築。
七、昭和十一年（1936）〜昭和十五年（1940）－重建
整體規模進深三進，為三川殿、正殿、龍虎井以及後殿，形成「工字形」平面。此時期重修，三川殿與拜殿由泉州溪底派匠師王錦木主持；正殿營建匠師係「扁師」承作，交趾陶則由陳專友與林添木對場施作。
八、民國三十六年（1947）－修建
民國三十六年（1947）整體規模仍為三進，重修三川殿屋頂，內部油漆彩繪，三十八年十二月竣工（1949）。
九、民國五十三年（1964）－修建，拆遷戲臺
民國五十一年城隍廟因道路拓寬翻修，將戲臺拆除，研判此時期整體規模仍為三進，但廟前戲臺已拆遷。民國五十三年（1964），內部油漆重作。
十、民國六十九年（1980）－新建後殿
民國六十九年（1980）拆除後殿重建一座六層R.C.造大樓，至七十四年完成（1985）。設計師為謝自南，由王振河建築師監造。
十一、民國七十九年（1990）〜民國八十三年（1994）－新建教學大樓、牌樓
民國七十九年（1990）新建教學大樓，由蕭德潤建築師設計監造。
民國八十年（1991）新建廟前廣場牌樓，於民國八十三年（1994）八月完成，由趙工杜設計監造。
十二、民國八十五年（1996）〜民國八十七年（1998）－古蹟修復
因廟宇年代久遠，病蟲害導致部分梁柱遭白蟻蛀蝕，故委託符宏仁建築師事務所進行修復設計與監造，先由勝記營造股份有限公司承包，後因故由慶洋營造有限公司繼續完成修復工程。