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北港鎮安宮興建年代說法有二：一、依光緒11年（1885年）的〈水月庵帳冊〉，曾記載捐獻王爺廟（鎮安宮），故推判當時已設有此廟。其二、文獻《臺南州祠廟名鑑》記載「王爺廟」創立於光緒12年（1886年），兩種文獻提及的年代相近，推判鎮安宮興建年代不晚於光緒12年（1886）。

鎮安宮與北港蔡姓移民有相當大之關連，原鄉泉州石獅容卿與北港亦有同樣的王爺信仰。

清領末期，蔡姓宗親自中國原鄉移民臺灣時，將七王爺神尊由泉州石獅容卿帶至北港，置於家中祭祀。清光緒11年（1885年）因惡疾流行，眾人向王爺祈求顯靈，將年久荒蕪傳鄭氏時期收租行館修繕作為祠廟，稱「王爺廟」。後於明治39年（1906年）由蔡如等修築王爺廟，以草頂、編竹夾泥壁、白灰抹牆等草蘆整修。日治時期，大正10年（1921年）鎮安宮由蔡片擔任管理人，位址北港市街，鄰近北港朝天宮，為清領時期三益境角頭廟及信仰中心。

民國40年（1951年）「三益境」居民發起重修，由廟方發包將舊廟全部拆除重建，經費由地方人士響應捐款，甚至曾礙於經費不足借款，即使經費拮据，廟方仍延聘同時期在北港朝天宮整修之匠師，由江清露製作鎮安宮泥塑與剪黏。歷經四年至民國44年（1955年）12月終於完成修建以成今主廟格局，並懸匾「北港鎮 鎮安宮」仲秋吉置。據廟方表示，二戰後國民政府要求每一座廟均需有「廟名」，故以「鎮守四方、合境平安」為宗旨，峻工後命名「鎮安宮」。