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「藍田書院」位於南投市崇文里文昌街140號，建於清道光11年（1831）。民國74年（1985）11月27日，經內政部公告指定為臺閩地區第三級古蹟。清代初期南投地區因地處內山，開發較遲，文教事業並不發達，當時僅有余文儀「續修臺灣府志」中記載的南投社與北投社兩社學。這兩個社學是以教育歸附土番子弟為目的，然因兼充普通義塾，漢番混學。清乾隆24年（1759）設立南投縣丞後，本區之開拓方有進展。因此，嘉慶、道光年間，漢人於本區平地之開拓大致完成，教育亦隨之而興，故有南投地區的第一所書院－「藍田書院」的創建。
清道光11年（1831），南投縣丞朱懋延邀南北投及水沙連兩堡仕紳議建書院，卜地於街後康壽庄菜園中（今南投市康壽里藍田街）。是歲冬月興工，以總理生員曾作雲、簡俊升等人主其事，共費白金四千一百餘元，於清道光13年（1833）10月竣工。
書院主祀文昌帝君，後祀朱熹為講堂，旁為齋舍，兩翼廂房為諸生肄業之處，外環以牆。以其樹人無殊於種玉，希望能青出於藍，故定名為「藍田書院」。書院的經費，除由眾人捐置學田外，亦曾接受「白沙書院」的資助，故與「白沙書院」關係密切。其學規與修業雖無記載可稽，但極有可能遵循「白沙書院」之制。然而，雖名為書院，但除了由官方批准聘請教師，與普通義學稍異外，仍不脫「義學」的性質。
「藍田書院」建成後，曾於清道光25年（1845）重修，清同治3年（1864）改建於今三民里藍田街。清光緒10年（1884），書院因白蟻之害而重修。至日治初期因遭兵燹，焚毀右廡，曾予修補。
日治明治44年（1911）因市區改正，進行道路與下水道工程，於日治大正4年（1915）末，以「原貌遷建」方式，改築於今崇文里文昌街現址。民國46年(1957)再次修建，即成今貌。已有一百九十餘年歷史的「藍田書院」，歷經了多次遷建、整修，原貌已失，目前書院前進勉強維持書院之外形，後進是信徒極多的鸞堂，其書院的傳統特質早已消失無存，僅留祠祀之功能，俗稱「孔子廟」或「文昌祠」。
「藍田書院」於初創時的規模為「三進兩廂式」的格局。然而，「藍田書院」於日治時期在建築上經過兩次大的變動而遷至現址後，即為現貌之「單進兩廂」式的格局。其配置上屬於三合院式的對稱型態，包括中軸線上緊連的三川門及正殿，外帶兩翼廂房，並以過水廊連接，為小規模的書院建築。
除了建築的特色外，廟內古匾有，清道光22年（1842）的「天上文衡」，清同治3年（1864）的「文明氣象」，清同治4年（1865）欽加二品頂戴臺澎督學使者皖江丁曰健的「奏凱崇文」，清同治7年（1868）吳聯輝立的「瑞氣如珠」，及清同治9年（1870）立的「丕振斯文」等，各有其歷史典故可循，為南投縣第一所正式書院，其文運蓬勃之勢。
現在大殿供奉主神文昌帝君，副祀紫陽夫子。後殿二層樓，一樓為濟化堂，中殿奉祀關聖帝君、孚佑帝君、司命真君，左側供奉城隍，右側供奉福神。二樓為大成殿，中殿供奉至聖先師孔夫子神位，左側七十二賢人神位，右側歷代聖賢神位。