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南科考古館建館源起自民國84年南科園區開發工程，出土大量史前時代各時期的文物，而重現南科五千年的古文明。行政院國家科學委員會委託中研院及史前館進行調查、發掘，至今已發現58處以上遺址，埋存的史前文化最早距今約5000年，最晚約300多年前，是目前臺灣遺址密度分布最高、文化層序最完整且挖掘面積最大的地區。為了保存、研究並展示因開發所進行的搶救發掘成果，經多方共同努力下，最終完成了南科考古館佔地約2.42公頃、樓地板面積1萬9千平方米的建館計畫。