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史前館籌建之初，為避免破壞卑南遺址，另建佔地廣約11公頃的康樂本館，民國91年正式開館至今，是第一座集合博物館、考古遺址和自然生態公園(卑南遺址公園)的博物館，臺灣東部第一座國家級博物館。擁有五大展示廳、十五個展覽室、三個特展室，陳列臺灣各地史前遺址考古文物、南島語系各原住民早年生活器物及在臺灣各地發現的古生物化石標本等。民國96年奉命籌建位於臺南科學園區南科考古館基地，遺址文化層包括大坌坑晚期、至西拉雅、明清，共六文化層，時間約距今5,000年至300多年前，古南島文化層至近現代南島文化層兼備。107年底開幕試營運，以科技詮釋考古資料，呈現西南平原5,000年來的文化樣貌，是臺灣西南部第一座國家級考古專業機構。