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日茂行主人林振嵩於乾隆30年（西元1765年）由泉州永寧渡海來臺經商，並定居鹿港，林振嵩經營船頭行，於鹿港創立「日茂行」商行。乾隆49年（西元1784年）鹿港開為正式的港口，與泉州蚶江對渡通商，推測日茂行建築於此時期興建。
　　
乾隆42年（西元1777年）捐資成立鹿港慈善組織「敬義園」，以拾字紙、置義塚、收遺骸、修橋樑等工作，造福鄉里，是當時最具規模的慈善組織。另外，日茂行曾參與乾隆51年（西元1786年）鹿港龍山寺遷建、乾隆52年（西元1787年）天后宮（今新祖宮）新建等地方事務。
　　
乾隆53年（西元1788年）林振嵩因母喪回泉州奔喪後，定居泉州，頤養天年，日茂行的經營由林振嵩三子林文濬接手。林文濬又名品、元品，字金伯，號淵巖，為人熱心公益，曾捐資修建鹿港天后宮、鹽水武廟、彰化縣城等。嘉慶21年（西元1816年）林文濬五子林廷璋，孫侄林世賢中舉，同年，日茂行進行重修，由林文濬敬書「日茂行」門額。
　　
自乾隆年間至道光中葉，日茂行執鹿港商業牛耳，然而隨著鹿港河道淤塞影響船運，日茂行商務亦逐漸衰弱，家族於地方事務的參與歸於平淡。後因民國70年（西元1981年）實施都市計畫畫道路開闢，日茂行建物所在地辦理徵收，部分建築遭拆除，於民國89年（西元2000年）公告為縣定古蹟，民國94年（西元2004年）遂辦理修復工程。