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鳳山縣舊城北門外文廟為首任知縣楊芳聲所建，前眺鳳山，左倚半屏山，右輔龜山及打鼓山，廟前蓮池潭則為天然泮池，形成天然的人文勝地。後因風雨損壞，知縣宋永清於清康熙43年(1704)重建，大成殿在前，啟聖祠在後，兩廡、櫺星門畢備。後經幾度修葺，廟貌日漸不佳，乾隆17年(1752)知縣吳士元再次重建，中為大成殿，後殿為崇聖祠，東西廡，前為大成門、櫺星門，兩旁為義路、禮門坊，並建明倫堂、名宦祠於左側，建鄉賢祠於右側。至此，整體文廟大備。
乾隆51年(1786)林爽文事件爆發，乾隆53年(1788)縣城遷移至下埤頭街(今鳳山區)，政經和文教中心逐漸移轉到新城。嘉慶19年(1814)新城內的鳳儀書院開始興建，書院取代文廟而為鳳山縣的文教中心，文廟的實質重要性降低。直至清光緒3年(1877)，知縣孫繼祖始再行募款修建，大抵維持廟貌。日本治台以後，新式教育逐漸取代傳統科舉，文廟缺乏維護且歲久傾圮。明治33年(1900)2月文廟被改建為舊城公學校，即今日舊城國民小學。創校初期，學生在崇聖祠上課，其他建物有的被拆，有的被改建為教室，後來僅存崇聖祠。崇聖祠於民國72年(1983)5月整修後，被列為市定古蹟，並將散置附近的11方石碑，立於祠後而為碑林，永久保存。
崇聖祠原稱啟聖祠，主祀孔子父親叔梁紇。雍正元年(1723)，清政府追封孔子五代王爵並入祀，更名崇聖祠，其雖僅為文廟的一小部分，但卻是傳統漢人禮教文化及學制之象徵。