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咸豐十年（1860年）臺灣開港，准許安平、淡水兩港對外通商，於是各國相繼而來，派遣領事、劃租界、設洋行、建棧房。同治元年（1862年），正式開關徵稅，淡水開埠設關之初，全由中國人主掌管理，但到了同治二年（1863年）改派洋人擔任副稅務司後，實際上已是由外國人掌控了洋關的行政與稅務大權，考慮到洋人官員越來越多的情況，於是在同治五年（1866年）開始興建第一棟海關官邸提供稅關長居住，至光緒元年（1875年），海關再度購買官邸左側土地，另建兩棟宿舍，供秘書（書記）及其他海關關員居住。
然而在光緒十年（1844年）中法戰爭滬尾之戰中，官邸被炸毀僅存兩棟。甲午戰敗，清廷割讓臺澎，日軍接收淡水海關時爆發「永久借地權」問題，時任清廷滬尾海關末代稅務司馬士（H.B.Morse）聲稱海關附屬諸多不動產都是英人稅務司赫德私有，與日本政府交涉談判海關產權歸屬與移交問題，最後日本政府採取強硬態度直接接收，包括關稅務司官邸，並於光緒二十一年（1895年）重新開設淡水稅關。
日治時期的淡水海關，因淡水港的沒落被基隆港取而代之，關稅關務漸少，兩棟官邸一度被當作賓館使用，大戰末期，兩棟官邸日漸荒廢，因而第二棟建築在光復後不久即予拆除。剩餘一棟被國民政府財政部海關臺北關接收，供當時稅務司署長李度所住，這棟洋房在西元民國八十六年（1997年）以「前清淡水總稅務司官邸」之名公告為古蹟。