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欽差行臺位於布政使司衙門西側，由臺灣巡撫於光緒18年（1892）間花費二萬兩興建，為外地高級官員來台北時之旅館及宴會、會議之用。甲午戰後割臺期間，臺灣民主國大總統唐景崧曾將其改作「籌防局」，專司軍事佈防之務。日據以後，欽差行臺建築改為「臺灣總督府廳舍」，直到1919年新廳舍（今總統府）落成啟用後，舊廳舍便成了臨時性展覽聚會場所。1928年間，為了配合御大典紀念博覽會的舉行，臺北市政府擬定新建市役所及公會堂計畫，而其基地恰巧位於欽差行臺及布政使司衙門位置，因此引發各界保存舊廳舍的呼籲。
1932年，欽差行臺遷移至植物園後，改作中央研究所林業部熱帶植物標本陳列室之用，光復後，歷經林業陳列館、文物館使用至今。