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北投縠倉建於日據時期昭和十三年（西元一九三八年）。當時屬於有限責任北投信用購買組合所經營。日據時期台灣各地陸續成立農會性質的民間團體，常附設穀倉及碾米廠為農民服務。各地穀倉略有差異，農民多將所生產的稻穀賣給有礱榖工廠的農會團體。至一九二０年代政府施行農業倉庫法，台灣因水利設施改良而稻米生產量大增。北投及關渡平原的稻米生產量很多，所以在一九三八年建造了穀倉。戰後北投成立農會，繼續為農民服務，實施肥料換榖政策，生產量又增高，農會穀倉業務繁忙，除了供銷外又有信用貸款之服務。
北投穀倉平面呈曲尺形，包括辦公室、碾米機房及長條形的穀倉。穀倉的屋頂凸出通氣小屋頂，俗稱為太子樓，內部以中央輸送帶分為左右兩邊的倉庫，為了隔熱，又有磚造栱廊。穀倉共分隔為十二間，隔牆以磚砌成，牆上有竹編網，可使稻穀避潮。屋頂桁架全為木結構，惟在指定古蹟過程遭人為破壞，部分建物屋頂坍塌。值得重視的是碾米機設備仍為質地優良檜木所造，目前仍保存良好，為全台所罕見之實例。