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中日甲午戰爭後清廷戰敗，於明治二十八年（1895年）簽訂《馬關條約》將臺灣及澎湖群島割讓給日本，日本即派遣軍隊自澳底登陸，逐漸進據臺北等內陸地區，為了平撫抗日義軍即防止敵軍由澳底或宜蘭方向登陸，臺灣總督府增派師團及塞砲兵隊來臺，由基隆上陸，進駐各砲台。
四腳亭砲台即位於基隆港東南方，明治三十四年（1901年）由臺灣總督府收購土地並興建，明治三十六年（1903年）竣工，原名深澳堡壘或深澳坑堡壘，而後，隨著昭和時期，防衛形式的改變，基隆要塞縮編，堡壘砲台相繼除籍，四腳亭砲台的兵舍也於昭和七年（1932年）除籍，光復後，四腳亭砲台未被國軍接收，亦因無人使用而日趨殘破，直至民國九十年（2001年）指定為縣定古蹟（今新北市定古蹟）。