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「苗栗文昌祠」位於苗栗市區西南，清光緒十一年（1885年）完成興建，主祀文昌帝君，配祀制字先師（倉頡）及昌黎先生（韓愈）；共有二座祀田，分別位於四湖庄桄榔埔（今西湖鄉四湖村）與蛤子市（今公館鄉福星村）。
苗栗地區從乾隆年間逐漸開發後文風日盛，參與科舉人數日多。因此，清光緒八年（1882年）時，有例貢生林際春、廩生陳萬青、生員黃文龍、監生邱蘊常、范炳輝等人倡議建造，祀奉文昌帝君祠。延聘監生兼職堪輿師的王東海監造，完成一座二進及左側護龍，共十六間房的祠堂。清光緒十一年（1885年）完成興建，同年由董事林際春從新竹背負文昌帝君神像入祠安座。
清光緒十五年（1889年）苗栗縣初設，首任苗栗縣知縣林桂芬抵任，暫時將「苗栗文昌祠」作為辦公場所，一年後才遷到新建完成的衙署。清光緒十八年（1892年）在「苗栗文昌祠」內的倉頡廳及左護龍設立「英才書院」，做為苗栗地區主要的教育機構。日治時期，「苗栗文昌祠」淪為憲兵駐屯地、公學校分教場和支廳宿舍，因而遭到嚴重破壞，直到戰後才得以重新整修。
「苗栗文昌祠」是苗栗地區，文化教育的重要建築物，見證苗栗地區初期行政、文化教育變遷，為苗栗地區的文教中心。