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清咸豐7年（1857）地方士紳倡議興建書院，士紳阮鵬程擔任總理，陳嘉章、王祖培、鄭凌雲、黃興東等秀才奔走募款，地主黃利祥、黃鐘烈、黃英協捐獻土地，督造興建，歷時一年餘的興建，道東書院已略具規模。

道東書院取其「王道東來」之意，書院祭祀朱子，地方俗稱「文祠」。同治年間，商紳林日豐號、林金盛號、等商舖，相繼捐租，做為書院的經費。清同治10年（1871）由阮傳芳、黃鐘麟等秀才擔任重修董事，聘請匠師彩繪廟堂，增建牆垣，同年底竣工。

清光緒12年（1886）士紳謝孝專於書院內教授課程，因門徒謝以章夜間在書院內讀書，不慎引發火災，正殿受損，遂由地方士紳募款重建，同年6月興工，翌年完成修復。

明治38年（1905）日人實施土地登記法，將書院財產登記為祭祀公業，由阮夢熊為管理人。日後，由於道東書院棟宇失修，建築物日漸傾頹。大正9年（1920）和美區長許在泮倡議重修，並獲地方人士的捐資，書院重修完成後，組推舉街長許在泮為管理人，五名理事與一名幹事，道東書院的管理秩序井然，樣貌煥然一新。

大正14年（1925）道東書院舉行春祭，並創辦漢文研究會，聘請鹿港許逸漁至書院講學，方便地方子弟修業讀書。昭和5年（1930）聘請黃文鎔於書院內主持「漢文研究會」，並修撰沿革誌，目前沿革誌木碑位於正殿左右兩側。昭和11年（1936）黃文鎔、許幼漁、施一鳴、朱啟南等人於道東書院創「開善社」詩社，為和美的重要詩社。

二戰後，道東書院遭人佔用，致使一度荒廢，民國71年由和美鎮公所發包重修，民國74年8月19日經指定為第二級古蹟，修復工程至民國74年全部完工。民國88年九二一地震，道東書院局部受損，遂由政府執行災後重建，於民國94年2月修復完成。