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清水岩寺約肇建於雍正6年（西元1728年），懇主蕭東生於武東堡許厝寮莊之觀音坪改茅草工寮為寺，奉祀佛祖香火袋，當時確切寺址未知。乾隆初年第一代住持悟意禪師開始募款建寺，乾隆10年（西元1745年）由朱文玉發起興建茅竹寺宇，移址於觀音坪，寺址位於現在清水岩寺所在地上方山坡地，也就是當地居民稱之「挑鹽古道」半路上，供奉釋迦牟尼佛及南海觀世音。
　　
乾隆23年（西元1758年）第二代住持為覺通禪師，與仕紳共同修建寺宇，清水岩再次遷移至現址。寺內主祀釋迦牟尼佛、阿彌陀佛、藥師琉璃光佛，代表「佛、法、僧」為三寶佛，也是臺灣最先供俸三寶佛之佛寺。清水岩現今古蹟本體格局為光緒5年（西元1879年）至光緒10年（西元1884年）的整修中確定，後在大正7至9年（西元1918年至西元1920年），則增長護龍，以及增設左右過水門，完成清水岩寺兩店兩廊兩戶龍三院格局，此格局直到民國65年（西元1976年）才被改建。
　　
戰後，民國64年（西元1975年）被內政部來函指定為第三級古蹟，但清水寺在民國76年（西元1987年）時因前幾年重修與增建改觀而遭內政部來函取消古蹟資格，至民國92年（西元2003年）彰化縣政府重新指定為縣定古蹟。