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擇賢堂係報恩堂的分堂，於清光緒5年（西元1879年）由信眾共同出資3百圓創立。關於擇賢堂是報恩堂分堂的說法，大部分的論述皆記載是因為報恩堂信眾太多，於是由眾齋友的幫助而創立「擇賢堂」，擇賢堂的創始人主要包括葉昌貞、黃昌泰、古昌端三人。並由葉昌貞擔任第一任堂主，黃昌泰則在葉家昌辭世後接任第二任堂主。據堂內資料顯示，此三棟的地番分屬「末廣町一丁目四五番地」及「丙一O六」兩塊。由此證明，擇賢堂由報恩堂「分出」的說法是可以理解的，因為上述三人本來就是報恩堂的信眾。
擇賢堂的第二任堂主黃昌泰精通漢藥，因此，常教導堂眾親手製作漢藥膏和香燭到外地販賣，以籌措堂內之費用，並以堂所多餘資金陸續購地。後來報恩堂堂主溫昌賢，曾因急需金錢而以該堂阿蓮鄉的土地抵押，向黃昌泰借貸一百五十圓周轉，可見當時擇賢堂內的經濟狀況應該已逐漸好轉，據堂內的資料顯示在黃昌泰擔任堂主時，陸續購買多塊土地，其中包括日明治39年（西元1906年）7月9日向鄭祥氏購買民房一棟，其位址於「本町一一七六番地」（即今民權路地段）；同年9月18日，向本堂的鄰居葉全購買民宅一棟，其地號為「末廣町一丁目四十四番地」和「丙一九七番地」兩塊，此家屋即是擇賢堂右方的民宅。
日昭和3年（西元1928年），本堂第三任堂主古昌端發起重建，於是在其帶頭捐金的情況下，共計籌得緣金九千六百七十四圓，作為改建佛堂的經費。今日所見的堂宇建築，即是在此次的建築中奠定基礎的，而後雖然再經數次的整修，然而都只是彩畫、壁磚和地磚等表面的裝飾粉刷而已。
現存殿宇乃日昭和3年（西元1928年）由普通民房改建而成。此次的改建過程，除了重建今日所見的佛堂之外，還包括佛像和九龍圍金的重新塑裝，這可從日昭和3年的【擇賢佛堂改築紀念】木匾二塊題款中發現。有關此次的改建工程，堂內還留有頂、下棹各一，以及「大雄寶殿」匾額，可為例證。值得注意的是，木匾中的捐款人士，除了本市的信眾之外，其餘大多數都是屏東內埔、萬巒、高樹、麟洛、新埤和高雄美濃一帶的客家人，此一情形若對照擇賢堂所提供的《信徒名冊》，可以發現這些捐緣人士大都在日大正14年至日昭和1年間（1925~1926年間）左右受度加入本堂，且與堂主古昌端同為美濃和六堆附近的客家人。可惜古昌端於堂宇落成不久之後即過世，遂由第四任堂主古昌新接任。二戰後不久，曾一度重新修繕堂宇屋頂。民國40年（1951年）古昌新辭世，同年由吳昌素發起重修堂宇，而後再於民國52年（西元1963年）提議重新油漆堂宇。
民國75年（西元1986年）左右，由於正殿內的地磚皆已老舊，而且在長年使用的情況下，擇賢堂方面決定更換地磚為今日所見白色尺磚式樣。同一時間變更的，還包括檐廊和拜亭的洗石子鋪面，而護龍的地坪也同時加以更換，並於民國93年（西元2004年）針對山門、拜亭、左、右護龍、簷廊、正殿加以修護及整修，成為今日的「擇賢堂」。