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明鄭時期，鄭成功逝世後，其子鄭經嗣位，授陳永華主掌政事，政權亦逐漸步入軌道，清政府在大陸的政權也趨向穩固。1674年（明永暦二十八年）鄭經率軍西征福建，於1680年（明永暦三十四年）兵敗東歸後，使其與居臺的文人志士心境及生活態度開始轉變，同為明末反清復明的來臺人士李茂春，則屬於持齋念佛者。
法華寺初名「夢蝶處」，舊地名為桶盤淺，為明末志士李茂春隱居之地。從道家精神中，李茂春頓悟佛家「四大皆空」的超然境地，尋求心靈的超脫，並與僧人亦有往來，時人更傳謂其李菩薩。李茂春去世後，後人將之葬於新昌里。其處改為「準提庵」內奉祀準提佛，轉變為佛門修行處所，至1708年（清康熙四十七年）鳳山知縣宋永清提議建火神廟，遂更名為「法華寺」。
1765年（清乾隆三十年）蔣允焄闢南湖（半月池）、築渠南岸砌舞榭「半月樓」，法華寺成為郡治名勝、海外勝景之一，亦在湖旁建立「南湖書院」，使其曾為清代五大詩社「南社」的所在地。至1942年（昭和十七年）信徒重修納骨塔，適日本軍方修建臺南機場，李茂春墓在界內被毀，僧人乃拾其遺骨，納之塔內，墓碑亦移嵌塔前。1945年（昭和二十年）盟機轟炸臺南，法華寺受波及，大雄寶殿、火神殿、天王殿皆被炸毀，後陸續重新修建。
目前在寺前府連路一帶之地勢低窪，即為南湖遺跡，更得見證地理滄桑變化。雖然重建前僅存原有建築「延壽橋」，但法華寺的歷史地位卻不見損低，於臺南市的發展史上仍佔有一席之地，見證府城的繁華。