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原台南高等女學校為現在的國立臺南女子高級中學，其創建可追朔於在日治時期時對女生的教育變革體制。臺灣最早的西式女子教育肇始於1884年（清光緒十年）加拿大基督長老教會傳教士馬偕在淡水創立「淡水女學堂」。臺灣的女子教育至日治時期才真正納入學制系統。
臺南最初的女子中學校於1917年（大正六年）5月17日以「臺灣總督府高等女學校分校」之名義創立，招收日人子弟為主的女子中學校。經由臺灣總督府評議員黃欣氏、陳鴻鳴氏的鼎力爭取，1931年（大正十年）另成立「臺南州立臺南女子高等普通學校」，以招收臺灣人子弟為主的女子中學校。
1922年（大正十一年），「臺灣總督府臺南高等女學校」改名為「臺南州立第一高等女學校」、「臺南州立臺南女子高等普通學校」改名為「臺南州立第二高等女學校」，學制皆為四年制。1945年（昭和二十年），受臺灣人意識崛起，「臺南州立第一高等女子學校」與「臺南州立第二高等女子學校」分別更名為「臺灣省立臺南第二女子中學」與「臺灣省立臺南第一女子中學」。
1949年（民國三十八年）9月「臺灣省立臺南第二女子中學」與「臺灣省立臺南第一女子中學」正式合併，並更名為「臺灣省立臺南女子中學」，簡稱「南ㄧ女」。
精省之後，於2000年（民國八十九年）2月1日，配合臺灣省政府功能業務與組織調整政策，奉令改名為「國立臺南女子高級中學」。