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沿海砲臺之生，乃由於港口海防之必需。臺南海岸為臺灣海岸地形變化最為劇烈之處，故港口之位置隨之飄移不定，海防重心也隨之遷移。而安平小砲臺便是海岸線變化之最佳歷史見證，昔日安平港汪洋浩瀚，今海埔長進，竟成陸地。
而小砲臺之歷史變遷大致可分為四個時期，依現有資料，第一個時期推測為郝玉麟於1733年（清雍正十一年）創建。第二個時期為姚瑩之兩次修建，姚瑩為鴉片戰爭第一次修建，成於1840（清道光二十年）為土築砲墩；第二次於隔年添砌石壁以及安置大砲。第三個時期為周懋琪重修。第四個時期為民國以後，1949年（民國三十八年）底中央政府播遷來臺，軍事要地興築防禦工事，於砲臺建造一座碉堡，已於1985年（民國七十四年）拆除。
由上述可知，小砲臺修築修建時期正值引進西式砲臺之前，其不僅是臺灣中國舊式砲臺之後期代表作，兩座砲臺間，還有一條長二百餘公尺的砲墩可互通有無，更見證了臺江變遷與鴉片戰爭之歷史，足見其保存的價值與意義。