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新營太子宮主祀壇中元帥，也就是民間俗稱「太子爺」的哪吒，為《封神演義》中托塔天王的第三子，故稱「太子爺」或「三太子」。故以「太子宮」為廟名，地方因廟而繁盛，於是以「太子宮」作為地名。寺廟登記時，為避免與地名混淆，以「新營太子爺廟」登記，但地方居民仍慣稱「新營太子宮」或「太子宮」。
1717年（清康熙五十六年）已經有關於太子宮庄的記載，而太子宮庄的地名取自廟名「太子宮」，所以太子宮的創建時間更早，1663年（明永曆十七年）許培元等五人攜奉中壇元帥神像進入太子宮庄開墾，當時搭建草寮茅屋作為祭祀空間。1688年（清康熙二十七年）為了方便民眾祭拜，則於庄中建造土石廟宇以安奉中壇元帥；至1728年（清雍正六年），地方人士發起重建，就原址擴建廟宇，廟名仍沿用「太子宮」。1883年（清光緒九年）廟宇因年久失修已傾頹破損，乃遷建於太子宮現址。1926年（大正十五年）進行整修，並增建拜亭，奠定太子宮今日的規模。1949年（民國三十八年）以後也陸續有重修及興建活動空間、設施等。
由於分香廟宇遍及全臺，成為臺灣中壇元帥信仰的重鎮之一，前來朝拜的香客絡繹不絕，舊廟的空間不敷使用，1981年（民國七十年）另建新廟於舊廟後方。新廟完成後，舊廟仍原地保留並維持祭祀的機能，當地居民奉舊廟為信仰中心，將舊廟與新廟合為一體，稱舊廟為「前殿」，新廟為「後殿」。