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康熙四十年(1701年)，有一福建省龍岩縣僧人－參徹禪師，身佩佛像，渡海來臺，雲遊四方。後來偶經今臺南市六甲區赤山里龍湖巖，在附近石几休憩，等到欲起身離去時，居然搬不動暫時奉置一旁的佛像，心知此地與佛有緣，於是決定就此駐錫，自闢荒野，親結草蘆，並由龍湖巖迎乙尊觀音佛像來此奉祀，時康熙五十八年(1719年)。嗣後信徒日眾，遂於乾隆十二年(1747年)募金建寺，號曰大仙寺。另一方面，乾隆末年，有李應祥者，篤信釋教，持齋禮佛，自福建來臺，前來大仙寺聆益修行，並在玉枕山南腰，擇一福地，奉觀音，潛修行，勤課讀，授學識。不久有林啟邦等八人，亦在其旁，搭一草寮，研讀闈墨，時相請益。嘉慶十一年(1806年)，傳說眾人赴福州科考，結果悉數中榜。感念之餘，乃合資購買今九股學田地，捐為寺產，並興築廟宇，取名「碧雲寺」，一則紀述此地滿山蒼翠，似帶穿雲；一則祈佑仕子青雲直上，登步碧霄，時嘉慶時三年(1808年)。為有別原有大仙寺，大仙寺俗稱「舊岩」，碧雲寺稱「新岩」。李應祥無意仕途，再返臺灣，受戒釋門，後繼大仙寺第三代住持，碧雲寺首代住持，兩寺並管，一時禪林稱勝。及嘉慶十六年，張士輝夥同蘇光賜、蘇廷觀等人，考慮寺無緣田，難為供養，遂倡首捐輸，購買三處田園，以其租息，作為香火之資，並勒石為記。道光十二年(1832年)張丙之役，碧雲寺慘遭焚燬，神像一度避難番社(今東山區)，於理事後應有重建之舉，惜史文缺載。嗣後直至乙未割臺，有關碧雲寺是否有所修繕增建？抑或有否捐金置產？史文有缺，無法論述。不過，碧雲寺成一名勝，時人雅士，留下頗多詩篇，膾炙人口。乙未之役，時當地居民，義不帝日，有林添丁、黃玉麟等人，號召同志，據碧雲寺抗日，惜寡不敵眾，不僅戰敗四散，寺宇也被焚毀而荒蕪，明治三十七年(1904年)與明治三十九年兩次大地震，寺廟又遭浩劫，大半倒塌殘破。適大仙寺與碧雲寺頻生廟產之爭，糾紛不停，遂由白河庄長林占春出面調解，昭和六年(1931年)分寺拆產，各自獨立，另由番社庄長(今東山區)陳按察等人管理。昭和九年開始鳩金改建，歷時兩載，於昭和十一年告成。二戰後初期，略有修建，今廟中存有不少民國三十四年(1945年)匾聯，可為見證。民國三十九年眾信捐資，增建寺左的清虛宮(天公廟)，民國四十三年完成，蔣介石總統親臨獻香，賜匾「凌霄寶殿」。民國五十五年興建地藏王寶殿，翌年竣工。五十九年又在大殿後興建仿古式三寶殿。六十七年主殿地坪重舖大理石迄今。