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清金門鎮總兵署位於金門縣金城鎮浯江街五十三號，即金門後浦東門，為清康熙21年（1682）間，總兵陳龍就明末文魁許獬的故宅「叢青軒」改建而成。許獬原名行周，因夢揭榜魁，而更今名，字子遜，號鍾斗，明萬曆25年（1597）中舉，29年（1601）高中會試第一，故有許會元之稱。尋殿試二甲一名，改庶吉士，授編修。許獬性嚴峻，幼時即天資聰穎，九歲能文，十三歲便學貫經史。殫心力學，文筆精妙，文章為海內所傳誦，故亦被尊稱為「許同安」。因以「叢青軒」為書齋，便將文集名為《叢青軒集》。另外尚有《四書合喙鳴》、《易解》等著作。許獬英年早逝，卒年時僅三十七，祀入鄉賢，配祀朱子祠。
金門鎮總兵署原位於金門所城，在浯洲之南，距後浦五里。東、西、南三面阻海，北以山阻，高聳臨江，極目東南，為備海之要地。故老相傳明代時，南門商船雲集，城內人煙稠密，有東、西、南、北四大街及城中八卦街。但清康熙2年（1662）為對抗明鄭而行「遷界」，墮城毀舍，又遷民於內地，所城人煙逐漸稀少。另一方面，由於地勢轉變，本來金門舊城，海邊有沙汕，港口包藏，可以泊船。其後，沙汕卻逐漸淹沒。而後浦則因形勢優於舊城，且後浦早在明代嘉靖年間，鄉民便自築堡壘，以禦倭寇。崇禎末，甚至曾為海寇李魁奇攻陷。故康熙間，幾經策畫，終於將總兵署移駐後浦。此外，根據許氏族譜所記，總兵署移駐後浦，亦與總兵陳龍迷信風水，期盼子息有關。因陳龍艱於子息，有人勸稱其後浦人丁富厚，地多佳氣，遂移總兵署至後浦。而舊城則一衰於倭寇之焚掠，再衰於清初墮城毀舍，加以署衙它遷，年代久遠，只餘碎瓦殘礫。
清同治7年（1868）總兵署改為協鎮署。民國4年（1915）金門設縣，次年改為金門縣公署，民國38年（1949）公署改為福建省政府辦公廳，後期曾做為金門縣警局使用。
民國80年（1991）由內政部評定公告總兵署為臺閩地區第三級古蹟，後金門縣警察局在民國84年（1995）遷出，之後民國85年（1996）進行整修，中間一度借用為行政院處理試辦兩岸通航事務金門行政協調中心，成為政府小三通前進指揮部。後經多方討論後，於民國91年始定位為「清金門鎮總兵署史料館」，朝著回復歷史場景及相關文物展示的方向規劃，藉由各項展示，重現清代金門總兵官威儀，民國93年（2004）正式對外開放。
民國108年（2019）因清金門鎮總兵署為金門重要觀光景點，為提供更充實完整的展示文宣內容，進行空間展示規劃，同年12月重新開放參觀。