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清木屋為一日洋混合式檜木兩層樓醫生館，於1930年(昭和5年)由日本醫生松浦 保まつうら たもつ所建，原為日治時期朴子公醫院，光復後改制為衛生所，黃清木醫師即為第一任衛生所主任，1956年(民國45年)買下該建築開設清木外科醫院兼住宅，懸壺濟世三十餘載，並曾任嘉義地方法院法醫，深獲地方人士敬重。另先生娘黃吳彩雲藥劑師除在醫院協助清木醫師外，亦曾擔任朴子國中第一任校長、縣議員、國大代表及全國婦女會主席等，於教育界及政壇相當活躍。然於1988年清木醫師辭世後清木外科便閒置無人居住。
長孫黃崇哲與長孫媳蕭秀霜為緬懷祖父、祖母，讓他們的行誼事蹟與這間老醫館的文物及故事能延續下去，也為使家族間能有一情感維繫交流的據點，2015年11月起自費修繕復舊後，於2016年7月以咖啡、點心、手作文創及朴子的醫療文化為主軸成立『清木屋』，讓清木外科風華再現。希望借此拋磚引玉，結合當地多樣文化產業，喚起更多重視文化資產保存及飲水思源的優良傳統，同時也使愛好日式建築、復古念舊及品嚐咖啡的朋友能有一聚會之場所。
經8年來的努力經營，秉持與地方共好之理念，辦理了多項地方創生、及社區營造相關之活動，例如：畫展、講座、朴子醫療文化走讀、音樂會...等，獲得一致好評，於2023年4月申請通過成為地方文化館～「朴子清木醫療文化館」。